由于倭患猖獗，近海的集市受到威胁，发展不起。嘉靖三十七年（1558）十二月，倭寇开始窜犯海阳，以后纵深劫掠庵埠、彩塘、龙湖等地，使沿海商贸活动受到严重破坏。至万历十年（1582） ，倭寇才基本平息，海贸活动逐渐兴起。
清初顺治年间（1644--1661），海阳县有九大集市，为渡头庵、蒲洋、云步、彩塘、意溪、枫溪、金石宫、大窖、龙湖。渡头庵集市在今县城的庵埠镇，是当时海贸集市的崛起。但好景不常，清政府为了对付郑成功等的抵抗力量，实行海禁，两次迁界移民。第二次在康熙三年(1664)，海阳县被划去龙溪(今庵埠)、上莆(今彩塘)、东莆(今金石、沙溪)、南桂(今东凤)四都和秋溪(今铁铺、磷溪）、江东、水南三都的一部分地区，使这些地方成为无人区。迁界造成人民生命财产严重损失，“田园井里尽委荒烟”的惨剧，更无人谈经商了。
康熙八年（1669），皇帝批准两广总督周有德有关复海界的奏疏，迁民始得陆续返回原籍重建家园。康熙二十二年（1683），清廷收复台湾。越年，兵部下令解除海禁，准许广东商民对外贸易。海禁一开，商业再振。为征收贸易税，清政府于康熙二十四年（1685）在广州设立粤海关，下立10个总口。第三总口为庵埠（庵埠总口即潮州总口），下辖双溪口、溪东口、汕头口、潮阳口、反溪口、海门口、达濠口、澄海口、长路口、南洋口、府馆口、东陇口、樟林口、黄岗口、马塘口、北炮台口。总口地址在海阳县庵埠寨聚星门庵江对岸（今万和路1号）。
1736--1795年前后，本县的商贸活动通过墟市进行，交通不便和人口不稠的地方以三日一墟，取寅申巳亥为期。但渡头庵墟、浮洋墟、云步墟、彩塘墟、意溪墟、枫溪墟、金石宫墟、大窖墟、龙湖墟皆为逐日集市。意溪墟为“竹木交易之所”，枫溪墟为“陶冶之所”，而渡头庵墟“即龙溪都庵埠市，海阳揭澄四邑商贾辏，海船云集”（以上引文见《潮州府志》周志）。雍正初，蓝鼎元在《海阳图说》记：“城南六十里为庵埠，迩海噬，烟火万家，商贾百货之所集也。”由此可见，今庵埠镇在清前期的商业已居全县之首，海贸相当活跃。由商业派生的典当业也发展起来，创于康熙二十四年（1685）的“裕隆当”和后起的“日升当”兴旺了相当长的一段时间。
海阳县城逐渐成为闽粤赣主要商品集散地，其南大门的龙溪都“夙号冲要，加以吴越、闽之舶时夹赀财以来游，丛聚日众……今则市廛喧阗，桑麻披野，居然海阳一大市镇矣”。（光绪《海阳县志》）。潘载和《潮州府志略》称：“韩江承汀赣之水，如高屋建瓴，庵埠集百货之舟，如蜂屯蚁聚。”从商的人越多，商人便寻求自己的组织。光绪二十八年（1902），海阳县商会成立，后来龙溪、上莆、登荣、东莆、登云相继仿效。这一时期出现了许多外销产品，庵埠南金纸创于1903年，行销南洋群岛等地，越年又有五味姜出口。
